Про вакцинацию и новые штаммы коронавируса

Илья Колмановский - ведущий телеграмм канала и подкаста Голый землекоп.
Ссылки на ресурсы:
Подкаст: https://podcast.ru/1505388337
Телеграмм-канал Ильи Колмановского «Голый землекоп» — https://t.me/kolm_zemlekop
YouTube канал студии Либо/Либо и Instagram

Колмановский:
Разговор про пандемию. Прошло полгода с последнего подкаста «Голый землекоп» посвященного пандемии. И все выпуски строятся так, что у меня есть работа, как у научного обозревателя, следить за тем, что думают ученые, что делают ученые. Вижу, что происходит что-то важное, тогда я должен сделать интервью, коммуницировать то, что думаю ученые про вирус, про иммунитет, про вакцины. Но это всегда выпуски, где содержаться ответы на вопросы, которые мы с вами не задавали, вы не задавали. И мы поняли, что нужно сделать разговор, который будет строиться на ваших вопросах. В телеграмм канале «Голый землекоп» мною был объявлен сбор вопросов про пандемию. Получил довольно много вопросов, но мы подкастеры и мы используем всегда аудио, поэтому вопросов в аудио формате тоже было много. Это был интересный набор вопросов. Эти вопросы заставили меня ввести дополнительный research , говорить с разными коллегами, разными экспертами (перечислены на канале, ссылки в телеграмм-канале).
У нас будет три основных блока по темам, чтобы всё окончательно не перемещалось в абсолютный салат. Первая тема – будем говорить про штаммы, эволюцию штаммов, будем говорить про вирус, как не заразиться, что наука думает на сегодня про ситуацию, что сейчас есть с вирусом.
Во второй части мы будем говорить про вакцины. О том, как вакцины догоняют эти штаммы, нужны ли нам новые вакцины, как устроены вакцины, нужны ли нам они (вещи которые всех интересуют).
Третья часть, наверное, будет самой насущной . Там будет разговор про вакцинацию. Мы, разобравшись с первыми двумя вопросами, будем обсуждать, как сегодня в живых людей вкалывают вакцины, про нас с вами, наш выбор, нашу стратегию, у каждого есть какая-то своя стратегия, как не заболеть, как сберечь близких.
Поехали! Вот такой первый вопрос мы получили.

«Здравствуйте Илья, здравствуйте команда «Голого землекопа». Меня зовут Владимир, я живу в Берлине. Начало пандемии я застал ещё в Москве. Также несколько месяцев назад я смог из Берлина прилететь в Москву, чтобы привиться Спутником. Теперь вопрос. Насколько мне известно Спутник вызывает иммунитет к S-белку коронавируса, которым он прикрепляется к нашим клеткам. И, если люди заболели индийским штаммом, это значит, что у этого штамма, видимо, видоизмененный S-белок, который может и прикрепиться к клеткам, и избежать мутации. Но как это возможно, если, по идее, S-белок должен подходить к каким то местам в клетке, как ключ к замку?»

Колмановский:
Это очень насущный вопрос, но давайте я дам чуть-чуть более широкий контекст, чуть-чуть подразъясню то, что для Владимира, судя по всему, очевидно, но, может быть, не всем [остальным] очевидно. Коронавирусы называются КОРОНАвирусами, потому что когда их впервые увидели в электронный микроскоп, увидели такие зубцы похожие на корону. Сегодня их чаще называют шипы, Spike-белок или S-белок. Это белок будет главным героем нашего разговора на протяжении всего времени, потому что это главный инструмент, который позволяет вирусу делать что-то чего не умели, например, его предки, которые жили в летучих мышах, вот этому Уханьскому вирусу, создавшему пандемию. Благодаря своему спайк-белку он умеет заражать людей, и он оказался чрезвычайно заразным. Он умеет это делать очень хорошо. Послушайте выпуск подкаста «Голый землекоп» про лабораторную версию происхождения вируса и возможность утечки из вирусологического института. Коротко – ученые в любом случае говорят, что вирусы чаще атакуют людей из природы. Мы строим больше вирусологических лабораторий . Это всё две стороны одного процесса . В любом случае нам над быть более осторожными с вирусами в лаборатории, нам надо их мониторить, нам надо защищаться от новых нападений, от новых эпидемий. И это не вопрос 20 лет, это может быть вопрос пять лет. Это важны вопрос и мы сейчас оставим его в стороне. Сосредоточимся на спайк-белке.
Часто говорят, часто используют эту метафору: представляют себе клетки верхних дыхательных путей, люди вдыхают вирус, и выясняется, что эти шипы, эти спайки, умеют, как Владимир нам напомнил, как ключ к замку, подходить к таким выемкам, которые можно себе представить как такие углубления на поверхности клеток верхних дыхательных путей, к человеческим рецепторам. И у уханьского вируса есть очень скверное свойство - он очень хорошо подходит. Но может быть, для того чтобы поговорить на тему, которую предлагает нам Владимир, лучше представить себе немножко другую метафору. И представлять себе этот спайк скорее как отмычку, которая подходит ПОЧТИ хорошо. Может быть не идеально, но, может быть, достаточно хорошо, чтобы в статистически в заметном проценте случаев заражать людей. Но можно ли себе представить лучшую отмычку? Никто не мог бы сказать точно полтора года назад есть ли куда этому вирусу улучшаться? Он начинал с достаточно высокой заразности. Вот это число 3, означающее, что в среднем один человек заражает троих, давало очень плохой прогноз. Потому что если бы вирус просто шел сквозь популяцию, как нож сквозь масло (в одном из первых подкастов «Голый землекоп» мы говорили про модели, по которым в России всё должно было бы прогореть за 3 месяца и это был бы настоящий апокалипсис) в Москве на один аппарат искусственного дыхания претендовало бы 10 человек , а в Чечне может быть 100. В этом диапазоне. Очень была бы плохая ситуация. Но оказалось, что передача идет не настолько свободно, и 3 это в среднем. В действительности передача основывается на суперспредерах [суперраспространитель - англ. super-spreader], на людях, которые заражают очень многих людей. Таких людей довольно мало. Будем говорить об этом дальше. Суперспредеры - это редкий талант. С чем связан этот талант не до конца понятно, но ясно, что есть люди, которые очень хорошо распространяют вирус, и вспышка разгорается по-настоящему сильно, когда цепочка идет так, что один суперспредер заражает много людей и в цепочке от него выстраивается еще несколько супер-спредеров, тогда начинается наложение суперспредов и разгорается вспышка. Она может потом приугасать, как это было в Москве, но ни в какой момент вирус не уходил. Инфекции продолжались. Мы вели себя довольно неосторожно и дальше в цепочке возникали новые суперспредеры, это статистически, рано или поздно, должно было происходить, и разгоралась новая вспышка. В этом смысле может не правильно говорить про три волны, скорее про, может бы, разгорание и затухание одного и того же события. И ученые за этим наблюдали, но также к своему большому неудовольствию, увидели в эти полтора года, что вирус способен на эволюцию. Вирусы часто меняются при переходе от человека к человеку и так можно отслеживать, поскольку мой вирус чуть-чуть отличается от вашего. Ученые в том числе из России, из Сколтеха, могли провести анализ и увидеть, например, что весенняя волна прошлого года разгорелась после 60 завозов из Европы, а основные туристические завозы из Китая не прижились. Можно вести такие расследования, потому что вирусы чуть-чуть отличаются, можно читать РНК и видеть эти отличая . Но это одна история. Другая, что эти случайные мутации могут случайным образом приводить к тому, что тот самый шип, с которого начал Владимир, изменит свою форму достаточно, чтобы приобрести новые качества. Так работает любая дарвиновская эволюция, она работает на основе случайностей. У вируса есть фантастическое преимущество огромных чисел. Вирусы играют в эту лотерею бесконечное число раз, каждый раз, когда человек производит миллиарды вирусных частиц и они все могут быть чуть разными, там [в РНК вируса] могут идти замены. И в результате случайных замен могут появиться штаммы, у которых шип имеет чуть-чуть другую форму. Возвращаясь к исходной метафоре – отмычка подходит к замку чуть-чуть лучше и тогда этот вирус будет более заразным. Тогда он будет заражать большее количество людей . Он будет быстрее распространяться по популяции и вытеснять другие штаммы. Мы с вами это видели. Мы видели, как всё более и более заразные штаммы, и это главная черта эволюции вируса - он должен становиться заразнее или вымереть, вытесняли другие. И сегодня в Москве «дельта» вытеснила другие штаммы. И в Петербурге. И это происходит быстро во всех странах по всему миру, потому что она оказалась гораздо более заразной, её шип оказался гораздо лучше подходящим по форме к нашим рецепторам. Более липким, если продолжить эту метафору. И это приводит к быстрому распространению инфекции, к переполнению больниц. Это очень пугает врачей, это огромная нагрузка на систему. Коротко отвечая на вопрос – оказалось, что вирусу есть куда улучшаться. Эта отмычка может всё больше и больше походить на идеальный ключ. Индийские данные показывают, что среднее число, апокалиптическое, это 6-7. Один человек может заражать шесть – семь людей. Те, кто были плохими спредерами, делаются уже неплохими, те, кто были суперспредерами, становятся супер-суперспредерами. И там, где нет никакого способа поставить перед вирусом барьер, а главные способы прервать эти цепочки - это локдауны и вакцинация, ну или просто переболевать, теряя родных и близких, в таких случаях, если вирус беспрепятственно распространяется, то происходит настоящая катастрофа.
Следующий вопрос.

«Здравствуйте, Илья! Меня зовут Светлана Мохахей. Живу сейчас в городе Целле, это в Германии. Спасибо большое за ваш подкаст. Всегда с удовольствием слушаем. И у меня два вопроса. Как быстро появляются новые штаммы коронавируса, сколько переносчиков ему требуется для того, чтобы мутировать до состояния нового штамма? И, в связи с растущей заболеваемостью в Москве, есть ли вероятность того, что в скорее появится новый, московский, либо какой-то российский штамм коронавируса? Спасибо!»

Колмановский:
При передаче вирус меняется и чем чаще, больше и плотнее идут передачи, тем быстрее меняется вирус. В случае с этим коронавирусом, который дал пандемию, в первые было это увидели нам норках, потому что эти зверки оказалось, что заражаются, и очень быстр идет передача на ферме от норки к норке. И уже к осени 20-го года увидели, что вирус довольно далеко ушел в этой своей эволюции. Слышали, что норок позабивали? Потому что ученые увидели в пробирке, что эти норочьи вирусы уже плоховато нейтрализуются антителами переболевших людей. Значит есть угроза ухода этого норочьего штамма от иммунного ответа. И частые и быстрые передачи – это главный фактор эволюции. Но есть и другой очень важный фактор эволюции – это люди с иммунодефицитом. Есть примеры исследованный людей, которые болели очень долго, потому что их иммунитет не может нормально подавить вирус. Это люди с раком костного мозга или по каким-то другим причинам у них подавлен иммунитет. У таких людей брали образец за образцом и можно было увидеть, что без всяких передач, просто в этом же человеке, вирус эволюционирует очень быстро и приобретает все те полезные для вируса замены неприятные для нас, которые наступили в британском и южноафриканском штамм. Потому что в этом организме подавляется основная часть вирусных частиц и выживают только самые приспособленные. И такие люди являются источником огромной опасности, потому что них может идти эволюция. И особенно сейчас беспокоит ситуация, когда мы привьем много людей, в том числе с иммунодефицитом, и это происходит уже сейчас, потому что для них ковид крайне опасен, он может легко их убить. Но это будут люди с не совершенным иммунитетом, в которых есть инструкция полученная от наших вакцин в виде их Т-клеточного и антительного иммунитета. И это будут условия, в которых вирус сможет эволюционировать и подбирать ключ к такому иммунитету, потому что их [людей с иммунодефицитом] иммунитет не подавляет вирус до конца. Это ведет быструю селекцию вируса. Так что есть ещё такой источник. И вот Светлана спрашивает, как быстро появляется новый штамм. Тут нужно расставить важные акценты. В действительности вирусологи исследуют разные штаммы и их интересует сколько завозов прошло в Россию и как. Их может интересовать, как на одном этаже больнице люди друг друга заражают, значит нужно что-то сделать с вентиляцией. Они могут это отследить. И в мире описано огромное количество штаммов коронавируса, но они не представляют специального пандемического интереса. Первые многие месяцы это был, по сути, был всё один и тот вирус, с одними и теми же свойствами, но мы могли отличить, назвать их географически. Международная организация с эти борется. Это неполиткорректно. И не факт, что британский штамм возник в Великобритании, просто там лучше исследуют штаммы. Российские ученые установили, что к середине зимы 20-го года в России было уникальное разнообразие штаммов. Около 400. Мы имели очень проницаемые границы, никакого локдауна. Насобирали со всего мира очень много штаммов. И у нас шла быстрая эволюция каких-то наших штаммов, но они не получали названия. ВОЗ присваивает названия штаммам, если они показали особый интерес для пандемии, например, большую заразность, сильно измененные свойства шипа. И настолько интересных штаммов в России нет, не выработали пока.
Пока мы с вами говорим, делается понятно, что в Калифорнии есть важный и интересующий штамм «эпсилон», который может ещё дать о себе знать. Но на днях один российский штамм получил маркировку АТ1 и он представляет некоторый интерес. И он может потягаться с дельтой, а может и нет. Посмотрим. У нас есть условия, чтобы его вырабатывать и всё становилось хуже. Самое главное что можно сказать, что эволюция может продолжиться в плохую сторону. Чем труднее вирусу будет заражать новых людей, чем больше будет переболевших, привитых, тем больше будет сжиматься кольцо вокруг вируса, меньше будут лакуны людей без иммунитета и вирусам будет оставаться выбор либо вымереть, либо стать более заразными. И выходит исследование выдающего американского профессора Евгения Кунина, которое предсказывает высокую вероятность, что в таких условиях географической изоляции штаммы могут и ещё будут делаться более заразными и будут уходить от иммунного ответа. Но прогноз в этом смысле такой, что ситуация может меняться к худшему. Увеличенная заразность вируса это очень скверно. Потому что бывают вирусы гораздо более смертельные, чем это коронавирус, но они менее заразны, это маленькие локальные вспышки. Первый коронавирус, SARS-CoV1, охватил 9 стран и имел гораздо более высокую летальность, но там были совсем другие числа, и другие скорости распространения. Когда у вас заражаются миллиарды, то жертв гораздо больше, и для того, чтобы вирус мог так идти по планете ему нужна высокая заразность. Ученых больше всего волнует усиление заразности вируса и это может происходить дальше.

Следующий вопрос.
«Ульяна, город Санкт-Петербург. Какова вероятность того, что в конечно счёте произойдет эволюционная притирка к коронавирусу и он перестанет быть опасным для нас? И как скоро это может произойти?»

Колмановский:
Ульяна транслирует важный миф. Я тоже так считал несколько лет назад, что вирусы в своей эволюции должны становиться безобиднее. Из общей идеи, что вирус не должен убивать своего хозяина, вирусу выгодно, чтобы хозяин его распространял. Этот миф давно развеяли. Эволюционные вирусологи очень просят внимательно отнестись к современному понимаю – вирусы совершено не обязаны становиться добрее. Главное, что они должны делать – становится заразнее, по причинам которые мы уже обсудили. И если они не будут делаться заразнее, то дело их плохо. Они будут вымирать. Что произошло с человеком, как он болеет и умирает ли он, вирус «не интересует». У него есть огромное преимущество чисел. И числа выглядят так, что основная передача, основные миллиарды вирусных частиц, происходит до появления симптомов или на ранней стадии болезни. Вирус ничего «не знает» о том, что случилось с этим человеком после того, как он отправился к другим передатчика, переносчикам. Вирус совершено не должен становиться добрее. Этот год отметился тем, что многие вирусологи сделали совершено выдающиеся работа по истории вирусов (послушайте подкаст «Голый землекоп»русский грипп про пандемию коронавируса в конце 19 века, интересная гипотеза). Например, про вирус оспы. Было усилие большой международной группы ученых из Россини, Германии, Англии, Норвегии, Швеции. Все выкопали своих викингов из могильников (у нас в Псковской области) и нашли в костях 9 века образцы вируса оспы. Просеквенировали (прочитали) их геном и увидели, что это был довольно сильно отличающийся вирус от того, который давал большие пандемии оспы в средневековье. Скорее всего он был гораздо менее смертельным. И это показывает, что в следующее столетие прошел какой-то кусок эволюции вируса, шло давление естественного отбора, и он стал злее и опаснее. Похожую вещь недавно показали про чуму. Нашли древний образец (чума - вызывается бактерией) в кости которой 5 тысяч лет. По этой бактерии видно, что это было менее тяжелое заболевание, чем то, которое стало черной чумой в средневековье. И так с рядом вирусов. Они вполне могут усиливать смертельность и надо надеяться, что мы покончим с этим вирусом, потому что он не обязан становиться добрее.
И здесь я хочу подвести итог первой части. Мы поговорили про вирусы, эволюцию, штаммы должны делаться заразнее. Основной полигон для выработки новых свойств вируса - быстрые, частые передачи. Важно рвать цепочки, нам важно понимать, что когда ты бессимптомно будучи молодым и сильным или привитым человеком перенес вирус, ты начинаешь цепочку, на конце которой может быть человек с иммунодефицитом, который является бомбой замедленного действия для всего мира. Нас беспокоит, что эти вирусы будут уходить от иммунного ответа у переболевших и привитых людей. Это уже произошло.
И самый последний вопрос к этой части.

«Наверное, самый простой вопрос – что делать самому, как избежать риска быть зараженным даже если вакцинировался? Игорь, Екатеринбург.»

Колманоский:
Мы знаем, что вакцинированные люди могут заражаться. Про это в следующей части, где про вакцины. Вакцина дает очень высокий уровень защиты, но не 100%. В эти полтора года мы видели бурный развитие науки о том, как не заразиться, науки эпидемиологии, о том, как всё-таки передается этот вирус. И сейчас мы видим консенсус, который сошелся в той точке, в которой в самом начале оказали японские ученые. Они поняли, что этот вирус передается по воздуху и что ключевым каналом передачи являются очень маленькие и легкие частицы образующие очень тонкие аэрозоли, которые могут надолго повисать в воздухе. Японские службы борются с этой эпидемией при помощи приборов измеряющие СО2. То есть насколько мы в этом помещении надышали, насколько хорошо циркулирует воздух. Понятно, что когда на вас нет маски и вы чихнули на кого-то, то полетели тяжелые, крупные капли (какие-то люди довольно далеко эти капли распространяют), но эти капли осаждаются достаточно быстро. Если вы чихнули в кого-то, то вы можете дать огромную вирусную нагрузку, и человек может очень быстро умереть. Похожие истории известны про китайских хирургов, которые в начале пандемии не знали, что это за вирус, продолжали делать операции на открытой грудной клетке, на легких, людям, которым вырезают опухоль, рак легкого. Было несколько врачей, которые быстро умерли, получив огромную вирусную нагрузку прямо из лёгкого. Это одна история. Поэтому маски необходимы, маски важны, их нужно носить, важно защищаться от каких то крупных частиц, больших потоков, которые откуда-то вылетают из человека, и человек это главный распространитель вируса, главная фабрика вируса. Но есть история, что маски не защищают достаточно от выдыхаемых аэрозолей и огромное значение имеет качество воздуха в помещении. Про это говорят множество экспертов, они ссылаются на вехи европейской истории, когда в 19 веке стало понятно благодаря первым микробиологам, что огромное значение имеет качество воды и люди, которые не имеют доступа к проточной воде, много болеют и рано умирают. Сейчас наступает эпоха, когда такое же значение будет придаваться качеству воздуха, мы поймем, что вентиляция чрезвычайно необходима. Используя свои суперкомпьютеры, модели, расчеты, измерении СО2 в помещениях, японские ученые пришли к выводу, что в вагоне метро в час пик достаточно открыть по диагонали две форточки и будет достаточная циркуляция воздуха, чтобы резко снизить риск заразиться. И большие киноконцертные залы, когда люди без масок едят фаст-фуд, когда смотрят кино, могут представлять очень низкий уровень угрозы. В течение года, пока не объявили чрезвычайный положение сейчас весной, это другая история, но в течение года с начала пандемии у них были открыты кинотеатры и это не порождало вспышек. Одним словом, эти аэрозоли оказываются главной темой. Есть инфографика, где видно, как над людьми встают эти аэрозоли, как такие красные джины. Есть способ их визуализировать. Обсуждают как правильно рассаживать музыкантов в оркестре, чтобы снизить передачу между ними. И что фаготы нужно посадить в задний ряд, открыть двери, из которых выходят артисты. Одним словом даже если мы вакцинированы, но не хотим проверять сработает ли защита нашей вакциной, устоит ли она перед новым штаммом «дельта», важно избегать контактов, не находиться там, где много людей или там, где тесно. И самое важное избегать помещений, где душно. Открыть форточку может стать чрезвычайно эффективной мерой борьбы.

Полезные ссылки:
1) Евгений Кунин: ожидается дальнейшая эволюция и уход от иммунного ответа
2) Канал Безвольные Каменщики (Ирина Якутенко); например – почему нестрашно падение эффективности нейтрализации вируса антителами в 2,5 раза
3) Александр Ершов, научный отдел Медузы: самый прямолинейный текст о вакцинации https://meduza.io/feature/2021/07/06/...
4) Идут испытания универсальной вакцины от Covid
5) Оркестранты и covid: какая рассадка безопаснее
6) Последняя: Спутник эффективен против новых вариантов вируса

Дополнительно: